Le Phragmite aquatique mesure environ 13 cm pour un poids de 10 à 14 g.

Les sexes sont identiques.
Chez les adultes, en plumage jeune, le front et la calotte sont brun-olive, avec des stries ternes noires, la nuque est brun-olive, avec de vagues taches grises ou gris-brun sur le centre des plumes, le manteau et les scapulaires sont brun-olive avec des stries gris foncé ou gris-brun sur le centre des plumes, le dos, le croupion et les couvertures sus-caudales sont fauve ou brun-roux, généralement sans taches, mais parfois avec de fines stries grises sur le centre des plumes, ou plus couramment, de vagues stries sur les couvertures sus-caudales.
Un large et long sourcil jaune-crême balaie le dessous de l'oeil, devenant plus large en arrière de l'anneau oculaire blanc, les couvertures auriculaires brun-sombre sont plus pâles en direction des joues, finement mouchetées de noir.
Les parties inférieures sont blanc-crême, avec des infiltrations couleur chamois sur les côtés de la poitrine, les flancs, la zone anale et le dessous de la queue.
La queue est gris-brun ou brun-noir avec de fines franges brun-olive sur les filets extérieurs.
Les rémiges sont brun-noir avec des bordures extérieures chamois clair ou blanchâtres, les grandes couvertures et les tertiaires sombres sont liserées de chamois ou de gris-crême, le dessous de l'aile et les axillaires sont blancs ou blanc-crême, le bec est noir avec une tache jaunâtre à la base de la mandibule inférieure, la couleur des pattes varie du brun- jaunâtre au gris ardoise. L'iris est brun-rougeâtre.

En plumage âgé, les parties supérieures virent au gris, le dessous est plus blanc, la calotte est plus sombre, avec les stries confinées sur le centre.
Les stries du manteau sont plus marquées, le sourcil est plus blanc, les touches de blanc-crême sont atténués sur le flanc et sur la poitrine, les bordures et les liserés des ailes sont effacés par l'usure.

Les jeunes sont assez semblables aux adultes mais la couleur de leurs parties supérieures est chamois-fauve plus éclatant, leurs dessous sont légèrement plus chamois.
Les taches sur le capuchon sont moins visibles.
Leur première mue survient pendant l'hivernage, ensuite ils sont absolument identiques à leurs parents.

Le Phragmite aquatique possède un vol léger, glissant, plongeant, sur de courtes distances.

Le Phragmite des marais est un visiteur d'été en France, il est de plus en plus rare, principalement en raison due la diminution des zones humides.

Il niche exclusivement dans les marais, dans les laîches, clairsemées de roseaux et de joncs.
Son aire principale de distribution se situe dans les pays de l'est : sud de la Lettonie, Lithuanie, Pologne, Est de l'Allemagne jusqu'à la Hongrie, centre de l'Ukraine et Ouest de la Russie jusqu'aux premiers contreforts de l'Oural.
Pendant la migration, on le rencontre dans toutes sortes de marais, fossés, champs de céréales situés à proximité de l'eau.

Les Phragmites aquatiques vivent la plupart du temps en solitaire ou en couples.
Ils vivent en général dans le couvert de la végétation aquatique, ils recherchent leur nourriture sur le sol ou au niveau de l'eau, se perchant rapidement, accrochés sur une tige verticale pour après quelques secondes d'observation s'envoler aussitôt plus loin.

Les Phragmites se nourrissent en priorité d'insectes. Ils consomment également des araignées et des petits invertébrés.

Le nid est petit, rudimentaire, est posé dans une touffe de laîches, près du sol ou de l'eau. 
Une seconde ponte intervient souvent au début du mois de Juillet.

La femelle pond en mai 4 ou 5 oeufs semblables à ceux du Phragmite des joncs.
L'incubation dure environ 13 jours, assurée par la femelle.
Elle nourrit seule les petits qui quittent le nid au bout de 13 ou 14 jours, et commencent à voler vers quatre semaines.